تالاب گاوخونی در گذشته از سه منبع آبی شامل رودخانه زاینده رود، رودخانه زرچشمه از کوه‌های جنوبی شهرضا و رودخانه ایزدخواست از استان فارس تامین می‌شده است.
کم آبی‌های چند سال گذشته و قطع جریان زاینده رود از سال ۶۶ در پی کمبود آب، بارش و خشکسالی، احداث سد رودخانه ایزدخواست در سال ۷۷ و رها نکردن حقابه تالاب از این سد، تخریب گیاهی و چرای بی رویه شتر و بز و تردد ماشین آلات و موتور در این منطقه مشکلات زیست محیطی بسیاری را برای این تالاب بوجود آورده است.
برداشت‌های بی رویه و غیرقانونی در بالادست، کاهش آب ورودی، تغییر اقلیم و خشکسالی و تامین نشدن حقابه‌های طبیعی از جمله چالش‌هایی عنوان می‌شود که حیات این تالاب را به خطر انداخته و به گفته مسوولان و کارشناسان محیط زیست، ادامه این روند می‌تواند تالاب گاوخونی را به کانون تولید گرد و غبار تبدیل کند و تا شعاع زیادی را تحت تاثیر قرار دهد بنابراین تامین حقابه آن ضروری است.
